在跨市合作體制創新上，主要體現在以下幾個方面：

　　機構設置上，廈門市與龍岩市分別成立以市委主要領導擔任組長的合作區工作領導小組，同時建立市際聯席會議制度，以加強對山海協作各項工作的領導和協調。此外，由廈門市主導設立合作區黨工委及管委會，負責合作區行政管理、規劃建設、開發運營和招商引資工作。

　　廈門市選派干部挂職龍岩市級副職領導并兼任合作區黨工委書記、管委會主任，龍岩市選派干部擔任黨工委副書記、管委會副主任。管委會內設機構中，經濟管理部門正職由廈門市派出，社會事務管理部門正職由龍岩市派出。

　　經營管理上，廈門市主導合作區開發、建設和運營工作，實行企業化經營、市場化運作。按照「獨立核算、企業化管理、市場化運作」的原則，由廈龍雙方按照一定出資比例，聯合組建合作區開發投資有限公司，統籌負責合作區開發、建設、運營工作。首期啟動區由廈門方出資設立的開發公司負責開發，后期由該公司聯合龍岩方增資擴股后進行開發建設。合作區開發投資有限公司由合作區管委會負責管理。

　　根據省政府批覆意見，廈門龍岩山海協作經濟區將依託現有龍雁省級經濟開發區，設立正處級規格的合作區管委會，隸屬龍岩市管理，管委會人員組成由兩市商定。龍岩市將進一步簡政放權，賦予合作區管委會更多經濟審批管理權限。

　　而在資金及財政分配上，兩地互利雙贏。對合作區生產總值、規模以上工業總產值、工業增加值、固定資產投資、招商引資等數據，由兩市按5︰5的比例分享，其他統計數據則列入龍岩市統計指標。合作期滿后，合作區移交給龍岩市管理，此后合作區所產生的稅收、生產總值（GDP）、工業產值等全部歸龍岩市所有。