甘南歷史悠久，自古以來就是唐蕃交往的重要門戶，藏漢交流東進西出、南來北往的商貿集散地。遠在春秋戰國時期，甘南就是古西羌首領無弋爰劍建立的羌族政權的北塞重鎮，而無弋爰劍則因最早將農牧業生產技術自秦地傳入青藏高原東部而著稱。

　　甘南曾是清朝蘭州府循化廳轄“南番二十一寨”的黑措寨。1927年，民國政府在夏河設縣，這裏成為夏河縣第四區區署駐地，原駐地建在寺院塔哇的基礎上，因位於洮州至河州交通要道的有利條件而發展起來。當時只有一二百戶人家，數條不足百米長的街道兩旁多數是供過往腳戶客商歇腳的低矮客棧，但因治安欠佳，商戶大都不敢在此開業，市面蕭條。1956年5月，甘南政府及其所屬部門由夏河拉蔔楞鎮遷至新規劃建設的黑措，改“黑措鎮”為“合作鎮”，既取藏語諧音，又取民族和睦團結之意，合作始成為甘南州的政治、經濟、文化中心。