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國家超算成都中心:上天能算行星,入地能算糧食

2022-08-19
来源:香港商報网

    你知道月球是怎麼形成的嗎?廣為流傳的大碰撞理論又是怎麼模擬出來的?近日,成都超算中心聯合成都理工大學行星科學中心,共同揭開月球大碰撞理論背後的神秘面紗。

    依託超算算力資源

    首次開展高解像度的SPH大碰撞模擬

    關於月球的形成,「大碰撞說」認為,在大約44億年前,有一個火星大小的物體撞擊了剛剛形成不久的地球,撞擊後,來自這顆行星和地球的大量物質被濺射到太空中,最終聚集形成了月球。

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    大碰撞事件不僅僅形成了月球,同時也確定了地球初始的熱-物理-化學狀態,因此開展大碰撞模擬研究不僅可以幫助人類了解月球是如何形成的,更是理解地月系統最早期演化的鑰匙。

    據悉,成都理工大學行星科學中心週遊副教授帶領的團隊,突破了月球形成的大碰撞模擬的技術瓶頸,在全國首次開展了基於SPH(光滑粒子流體動力學)方法的行星形成大碰撞模擬研究工作。近期,週遊團隊依託成都超算中心算力資源, 對月球形成進行了超高分辨的大碰撞模擬。

    「成都超算中心對我們這次開展高解像度模擬起到了重要的幫助,中心具有良好的硬件設備,並且工程師對軟件和硬件的適配具有豐富的經驗。」週遊介紹,在成都超算中心平台基礎上,團隊在國內首次開展了高解像度的SPH大碰撞模擬,解像度達到了1200萬粒子,提高了團隊整體計算效率,超大的存儲空間也便於輸出模擬中更多的細節。

    讓人驚喜的是,超算這次不僅能「上天」,還可以「下地」。

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    不再依賴國外技術

    首次研發出國產化適配模型

    8月16日,成都近日印發《打造更高水平「天府糧倉」成都片區的實施方案》(以下簡稱《實施方案》)。根據《實施方案》,成都力爭通過3年努力,提升建設1個十萬畝糧油產業帶、10個以上十萬畝糧油產業園區、100個萬畝糧經複合產業片 (園)區,打造形成農田標準化、土地股份化、生產規模化、品種優質化、全程機械化、主體職業化、服務社會化、產品品牌化、管理數碼化、效益多元化「十化同步」的新時代更高水平「天府糧倉」核心區。

    為實施農業科技增值行動,提高糧食生產的科技含量,成都超算中心聯合四川農業大學農學院進行了小麥bHLH轉錄因子PGS1調控種子發育影響產量的分子機制解析,為將來培育高產高質小麥材料提供理論依據和備選基因。

    「傳統研究方式費時費力,且花費巨大。」研究人員表示:「傳統研究只能通過實驗的方法來獲得目標基因的蛋白結構,而有了超算中心的蛋白預測技術支持,我們可以在短期內獲得較高精度的基因蛋白預測3D結構,幫助我們從結構的角度解析基因功能。」於是,在Alphafold2的幫助下,超算團隊成功預測出基因的蛋白結構,以及提前預測各個結構的功能,為後續研究提供了大量的數據基礎。

    為了將這項技術更好地運用到生活中,國家超算成都中心還與百度合作,基於百度飛槳螺旋槳PaddleHelix平台,依據國際公認的開源項目Alphafold2,研發出國產化DCU蛋白質結構預測推理模型,從而讓人類有機會從更深層次詮釋生命體的構成和運作變化規律,全面揭示生命運行、發展機制,激發生物科學、藥物研發、合成生物學等方面的發展,為我國生命科學發展帶來了更多新的可能。

    成都超算中心技術工程師向玉開表示:「生物計算-蛋白質結構預測Alphafold2模型基於深度神經網絡預測蛋白質結構,能夠根據輸入的氨基酸序列快速計算生成高精度的蛋白質三維結構,極大地提升了獲取蛋白質結構的效率,並使預測結果達到實際應用的精度要求。」(記者 付莉莉)

    頂圖:國家超算成都中心 攝影周勇良

[责任编辑:严燕红 ]