高鐵除了如何解決邊檢清關手續安排備受關注，列車上的執法安排亦是另一爭議之處。高鐵車廂內已貼有「請勿吸煙，最高罰款五千元」的標貼，與港鐵附例中禁止吸煙的罰款相同。港鐵回覆指仍就高鐵的營運與政府商討，標貼只是暫時參考直通車安排。

高鐵列車

　　一旦一地兩檢實施後，高鐵的隧道範圍及車廂內是以甚麼地區的法律執法，政府亦未作出公布，早前有報道就估計列車上會使用內地法律。高鐵車廂內貼有禁煙標貼與港鐵一般網絡內的車廂標貼大致相同，而最高罰款五千元亦與港鐵附例相符。

「請勿吸煙，最高罰款五千元」標貼

　　港鐵在回覆查詢時指出，指在現時俗稱直通車的城際客運服務，當列車尚在本港境內時無論營運商是否港鐵，港鐵附例亦同樣適用。港鐵又指就高鐵的詳細營運安排，公司仍未獲授權，有待同政府商討，高鐵車廂內的標貼是暫時參考城際客運服務。

特首林鄭月娥參觀高鐵列車。

　　立法會議員田北辰及陳恒鑌都認為，如確認在西九設立一地兩檢設施，在列車上最少都有實際需要採用內地的刑事法律，否則會造成法律漏洞令高鐵被利用，但田北辰則指在民事法律上或可採用本港法規。楊岳橋就指在原則上，列車在港境內使用港鐵附例十分合理，但他亦指難以藉此推斷未來的實行情況，必須待當局公布。