港鐵9月12日起會安排東鐵綫陸續由9卡列車代替12卡列車，以配合東鐵綫延伸段過海需要。為配合軌道接駁工程，有消息指港鐵可能會在今年第四季度部分非工作日的時段，暫停東鐵綫旺角東來往紅磡的服務，並以接駁巴士取代。

　　港鐵回覆傳媒查詢時表示，為準備東鐵綫延伸過海至金鐘，要在工程和列車運作進行多方面安排，會盡量爭取各方面的工作在非行車時間進行，減低對乘客的影響;而旺角東站與紅磡站之間的路段，需要進行新軌道接駁工程，相關路段的服務需要作出相應調整以配合工程，港鐵正進行詳細計劃，以盡量減少對現有服務影響，當擬定計劃並得到相關政府部門同意後，會盡快公布安排。

　　2011年8月6日及7日的周六日，港鐵亦曾經暫停港島線上環至金鐘的列車服務兩日，以進行連接上環至西營盤的路軌工程，期間提供穿梭巴士服務取代。