1941年12月8日，日本發動突襲英國、美國和荷蘭在太平洋屬地的「大東亞聖戰」。日軍攻打香港第18天的聖誕晚上，港英政府總督楊慕琦已無力再抵抗日軍的攻擊，黯然由最後陣地的香港島渡海前往當時改作侵港日軍「司令部」的尖沙咀半島酒店，向進攻香港的日軍司令酒井隆中將投降，從此香港便陷入三年零八個月的日本統治時期，香港居民也淪入日軍的憲兵隊和憲查的高壓警政之下生活。

　　●佔領港設「憲查」警務機關

　　香港淪陷不久，日軍依據在1942年2月正式成立的「香港佔領地總督部」發出的第一個指令，成立「香港憲兵隊本部」作為負責香港的治安以及軍事警察和情報的統領機關，因此當時的憲兵隊亦管轄「香港佔領地」稱為「憲查」的警務機關，這是稱為「憲警一元」系統。當時香港憲兵隊的頭號人物是野間賢之助隊長，他和他屬下的憲兵隊以及「憲查」，都是臭名昭著和手段血腥殘酷的。香港淪陷後的警察——「憲查」，除了由日人擔當領導階層外，下級的「憲查」和「密偵」分別是由華人和印度人組成，當中更有華人的三合會和青幫黑社會分子充任。

　　●設港九新界及水上憲兵隊

　　香港淪陷初期，日軍原在新界地區編有「新界地區憲兵隊」，與市區的「港島東地區憲兵隊」、「港島西地區憲兵隊」、「九龍地區憲兵隊」以及「水上憲兵隊」的地區機構，同隸屬於「香港憲兵隊本部」管轄。當時「新界地區憲兵隊」之下，設有新田、元朗、沙田、大埔和荃灣的「憲兵派遣隊」。

　　半年後，因為新界地區的特殊性，「香港憲兵隊」於1942年8月進行第一次改組，將「新界地區憲兵隊」撤銷，將原有屬下的各區「憲兵派遣隊」劃入「九龍地區憲兵隊」管轄，而新成立「上水憲兵派遣隊」的小型組織，設置於上水圍內的一個民居，後來搬遷到前港英時期的舊上水警署。

　　其後，原「香港憲兵隊」隊長野間賢之助於1945年1月被調走，由他的下屬金澤朝雄升任隊長。香港憲兵隊再於1945年2月進行第二次改組，將「上水憲兵派遣隊」升格為「上水地區憲兵隊」的設置，「上水地區憲兵隊」的總部仍然設於舊上水警署。新的「上水地區憲兵隊」下設沙頭角、元朗兩個憲兵派遣隊，並且設置大埔和青山兩個憲兵分駐所。隨後，日本人更將在深圳南頭的「寶安憲兵派遣隊」劃入為「上水地區憲兵隊」所管轄，致使「上水地區憲兵隊」成為新界北以及深圳一部分地方的各個憲兵派遣隊的總部。

　　當日本人還未想到日軍的侵略即將大勢已去，新任「香港佔領地」總督田中久一於1945年3月對總督部進行改組，當中實行憲兵隊和警察機關分家的改革，新成立由「香港佔領地」總督部參謀長統屬的「香港警察總局」，以接管舊制的「憲查」機關，而憲兵隊則改為只是負責情報的工作。

　　●2殘暴憲兵隊長其後判死刑

　　可是，日本企圖瓜分世界的侵略野心已到了窮途末路，當美國在日本投下原子彈後，日本天皇於1945年8月15日宣布無條件投降。英國在日本人手上重佔香港之後，英軍在香港特別成立軍事法庭，審訊對日軍侵港期間犯下的侵略罪行，其中對「香港憲兵隊」犯下令人髮指的戰爭罪行，包括以不人道的毆打、折磨和血腥虐待、非法逼供，甚而非法殺害軍士或無辜平民的戰爭罪犯繩之於法，並將兩任的「香港憲兵隊」隊長野間賢之助以及金澤朝雄判處死刑。