港大VIA 計算器 助揭細胞「軌跡」-香港商报
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港大VIA 計算器 助揭細胞「軌跡」

2022-02-09
来源:香港商報

 【香港商報訊】記者唐信恒報道:細胞是生命的基本單位,人體內的細胞經過長期不斷演化,形成不同形態,建構各種器官、免疫系統等等。細胞老化或在演變過程中出現問題會衍生各種疾病。香港大學工程學院電機電子工程系教授謝堅文昨日公布其團隊開發、名為VIA 的新軌跡推理算法,這新計算工具可處理龐大細胞組學數據,以精準推算細胞的發展軌跡,一些內地和海外的科研團隊已應用於新冠病毒研究,追蹤人體接種疫苗後,對不同病毒的免疫反應。研究成果已於學術期刊《自然通訊》發表。

 較現有方法更有效準確

 研究的第一作者及電機電子工程系學生ShobanaStassen 主要負責VIA 的兩個步驟──細胞集群分析和軌跡推斷,而7種肺癌約100萬個細胞藉圖像分析把細胞的特徵分類再放在座標上便可看到7個不同群組,上述過程只需10 分鐘,惟現時最快演算法要花費大約2小時;謝堅文提到無論軌跡有多複雜VIA都比其他方法更有效和更準確識別。

 港大早前有一研究採集新冠病毒患者支氣管肺泡液,VIA 能夠分辨出患者是屬於重症、中等還是健康群組,並可進一步分析重症患者哪一些免疫細胞較多和較活躍,內地和海外科研團隊都採用VIA中的集群分析演算法去進行其他類型癌症、疾病和試藥等研究。

 李嘉誠醫學院生物醫學學院副教授何永基認為,VIA 技術最重要是加快測序時間,從而可擴大研究規模至數十、數百或數千人,期望VIA 可在未來數年有更多應用。

[责任编辑:程向明]