粵海水務對東深供水工程的水質，一直實施高質量的監控，全方位確保供港水質安全。粵海水務水環境監測中心高級經理李秀虹表示，目前已有5套在線監測系統，24小時在線監測工程水質。她透露，正籌備進行智能監測，逐步實現由人工智能及機械人代替人手進行。

　「我們(粵海水務)擁有自動化設備，檢測能力超過1000項，包括世界衛生組織(WHO)、歐盟及發達國家的指標。」李秀虹稱，粵海水務每天在東江取水口及深圳水庫，開展pH、氨氮、溶解氧等指標監測，「由於該等項目監測是大批量進行，因此正考慮以自動化智能監測設備完成」。

　早年，東深供水工程的水質，曾受香港市民高度關注。為了確保水質，東深供水工程早於1998年，已啟動原水生物硝化處理工程，是當時世界同類工程之最。李秀虹表示，工程完成後，在氨氮去除率及溶解氧增加等方面發揮了明顯作用，繼而推動對港供水水質的提升，為香港供水水質增設了一道「安全網」。

　另外，東深供水於2000年至2003年開展改造工程，改用專用管道輸水。李秀虹稱，項目為對港供水實現了清污分流之餘，對港供水的「質」和「量」亦實現了雙重飛躍。