相信不少內地及香港散戶都有興趣透過「滬港通」投資H股及A股，但當中有些風險是不能不知道。不論是香港或海外投資者北向買A股，抑或內地股民南下買港股，暫時所有相關投資均不包括在投資者賠償基金的保障範圍，令「滬港通」投資者少了一重保障。

　　香港的投資者賠償基金於2003年以保障投資者，現時本港股民透過券商或銀行買港股，一旦該中介人倒閉，投資者可獲最多15萬元賠償。而透過「滬港通」買賣A股並不會涵蓋在該基金的保障範圍，因為A股並不是在香港聯合交易所或香港期貨交易所上市及買賣的產品。一旦證券行倒閉，相關持倉的A股將不會獲得賠償。

　　港股不納保護基金範圍

　　內地也有投資者保護基金，情況與香港類似，若有券商倒閉破產，或因挪用客戶資產而給投資者造成了損失，那保護基金會按照規定比例補償投資者的一部分損失。但保護基金不會保障透過「滬港通」南向買賣港股的內地投資者，因為所有南向交易的產品就不屬於上交所，故並不納入投資者保護基金保障的範圍。

　　賠償基金無疑是投資者的安全網，「滬港通」不包括在賠償基金保障範圍內，無疑令「滬港通」投資者要自己承受持牌中介人或認可財務機構的違責風險。不過，在「滬港通」下合資格買賣的股票有不少都是行業的龍頭股，但某部分則未必在行業具有領導地位，如恒生綜合中型股指數成分股，購入這些股票則要注意風險。